timsOmni?
重大飛躍：實(shí)現(xiàn)深度蛋白質(zhì)異質(zhì)體測(cè)序
timsOmni? 介紹
timsOmni? 憑借 eXd 技術(shù)和 TIMS 的強(qiáng)大優(yōu)勢(shì)，實(shí)現(xiàn)復(fù)雜結(jié)構(gòu)解析和深度蛋白質(zhì)異質(zhì)體測(cè)序。 創(chuàng)新融合多項(xiàng)技術(shù)優(yōu)勢(shì)，提供無(wú)與倫比的功能多樣性。
- TIMS 提供精確 CCS 值，解析構(gòu)象異構(gòu)性
- 碰撞誘導(dǎo)去折疊（CIU）以探索生物分子的構(gòu)象全景
- 精確控制電子誘導(dǎo)碎裂（eXd），實(shí)現(xiàn)詳細(xì)的分子特征分析
- 多維 MSn 分析結(jié)合離子富集技術(shù)以實(shí)現(xiàn)無(wú)與倫比的靈敏度
- 捕獲 eXd 模式，優(yōu)化前體離子利用率，提高碎片離子產(chǎn)率
- 全面支持所有 PASEF? 模式進(jìn)行 Bottom-up 蛋白質(zhì)組學(xué)和多組學(xué)研究
體驗(yàn)無(wú)與倫比的 MS 和 MSn 靈敏度
timsOmni? 通過(guò)多維度 MSn 分析和離子富集，提供無(wú)與倫比的全掃描 MS 和 MSn 靈敏度，即使對(duì)于豐度極低的離子也能顯著放大信號(hào)。
得益于多級(jí) MSn eXd 工作流程，通過(guò)精確控制離子束，任意強(qiáng)度的離子均可被靶向進(jìn)行電子誘導(dǎo)解離。
精確調(diào)節(jié)電子能量和反應(yīng)時(shí)間
timsOmni? 能夠精確調(diào)諧電子能量，從而探索多種碎裂模式，并靈活調(diào)整 eXd 反應(yīng)時(shí)間以獲取理想結(jié)果。憑借獲取的完整電子碎裂譜圖，您可以設(shè)計(jì)全新的解決方案，以實(shí)現(xiàn)深度測(cè)序和詳細(xì)的結(jié)構(gòu)解析。
捕集 eXd 模式
在?eXd 捕獲模式下，前體離子被捕獲并在電子輻射下快速碎裂。通過(guò)調(diào)整捕獲時(shí)間，可顯著提升碎片產(chǎn)率，優(yōu)化前體離子消耗率（＞ 90%）。這種獨(dú)特的碎裂功能與傳統(tǒng)的單一能量和固定反應(yīng)時(shí)間的碎裂技術(shù)截然不同。
Charge DDA算法用于完整蛋白分析
Change DDA（cDDA）算法在 LC-MS 分析過(guò)程中實(shí)時(shí)進(jìn)行電荷狀態(tài)去卷積，從而實(shí)現(xiàn)對(duì)寬動(dòng)態(tài)范圍內(nèi)共流出蛋白質(zhì)異質(zhì)體的精確靶向分析，有效避免高豐度蛋白的冗余碎片。
通過(guò)動(dòng)態(tài)地將隔離窗口切換到 m/z 譜圖的非重疊區(qū)域，cDDA 顯著減少了混合譜圖的產(chǎn)生。
抗體互補(bǔ)決定區(qū)測(cè)序
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分析和監(jiān)測(cè)健康個(gè)體和需要治療的患者體內(nèi)的抗體水平對(duì)于表征疾病進(jìn)展、識(shí)別癥狀發(fā)作延遲的患者以及預(yù)測(cè)潛在的長(zhǎng)期免疫至關(guān)重要。
- 全面豐富的碎片信息對(duì)于表征抗體獨(dú)特的互補(bǔ)決定區(qū)（CDRs）至關(guān)重要。CDRs 是位于輕鏈和重鏈可變區(qū)內(nèi)的主要高度變異環(huán)，主要負(fù)責(zé)抗體對(duì)特定抗原的選擇性和親和力。
- CDR 測(cè)序是指識(shí)別這些環(huán)中確切氨基酸序列的過(guò)程，以確認(rèn)抗體身份、評(píng)估潛在突變或促進(jìn)抗體開(kāi)發(fā)應(yīng)用。
CDR 測(cè)序的卓越 eXD 效率得益于以下幾點(diǎn)：
- 高容量 eXd 區(qū)，單次掃描可存儲(chǔ)并處理? > 1000 萬(wàn)電荷
- 高亮度電子源，精細(xì)能量控制，加速 eXd 反應(yīng)
- 精確控制 eXd 反應(yīng)時(shí)間，確保前體離子最大利用率
- 增強(qiáng)二級(jí)譜圖信噪比，實(shí)現(xiàn)最大序列覆蓋率
" 蛋白質(zhì)組學(xué)將通過(guò) timsOmni 邁入真正的蛋白質(zhì)組學(xué)時(shí)代。 "
Albert Heck, Ph.D., Distinguished Faculty Professor of Chemistry and Pharmaceutical Sciences, Utrecht University and Scientific Director, Netherlands Proteomics Center, Utrecht, Netherlands
賦能深度表征：MSn 負(fù)離子模式下的寡核苷酸分析
DNA 和 RNA 對(duì)于維持細(xì)胞穩(wěn)態(tài)至關(guān)重要，它們驅(qū)動(dòng)蛋白質(zhì)翻譯并通過(guò)表觀遺傳學(xué)和干擾RNA等機(jī)制調(diào)控基因表達(dá)，現(xiàn)正日益廣泛地作為重要藥物形式應(yīng)用于多種疾病治療領(lǐng)域。
表征內(nèi)源性 RNA 修飾對(duì)于理解生物過(guò)程至關(guān)重要。然而，由于核苷酸種類有限以及甲基化等同位素修飾的存在，對(duì)這些分子進(jìn)行精確表征仍然具有挑戰(zhàn)性。
寡核苷酸帶有負(fù)電荷，其表征需要采用特殊的斷裂技術(shù)，因?yàn)楸M管標(biāo)準(zhǔn)核苷酸種類有限，但可能存在多種修飾。定位內(nèi)源性 RNA 修飾是理解生物過(guò)程的關(guān)鍵，而結(jié)合 timsOmni 技術(shù)的完整蛋白質(zhì)組學(xué)分析能夠?qū)崿F(xiàn)精確測(cè)序。MSn eXd 技術(shù)可執(zhí)行電子脫離解離（EDD），特別適用于寡核苷酸類治療藥物的完整蛋白質(zhì)表征。
" timOmni 是我們用于表征非編碼 DNA、RNA 和寡核苷酸類藥物結(jié)構(gòu)和修飾的全新瑞士軍刀。"
Valérie Gabelica, Ph.D., Professor, School of Pharmaceutical Sciences, University of Geneva, Geneva, Switzerland
解析疾病機(jī)理的關(guān)鍵 —— 組蛋白乙酰化
組蛋白在 DNA 組裝中起著關(guān)鍵作用，組蛋白乙?；ㄟ^(guò)改變?nèi)旧|(zhì)結(jié)構(gòu)在基因表達(dá)調(diào)控中發(fā)揮重要作用。
理解組蛋白乙?；?/b>是理解癌癥、神經(jīng)退行性疾病、心血管疾病或代謝紊亂的基礎(chǔ)。
組蛋白結(jié)構(gòu)中修飾位點(diǎn)的高變異性要求數(shù)據(jù)解析工具必須能提供可靠的分析結(jié)果，timsOmni? 最先進(jìn)的碎裂能力結(jié)合 OmniScape? 軟件的智能算法，能夠?qū)崿F(xiàn)高置信度的 PTM 位點(diǎn)匹配
" 我對(duì) timsOmni 技術(shù)在完整蛋白分析表征中的潛力感到興奮。我們的初步結(jié)果展示了omnitrap 在完整蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)分析中的多功能性。"
Ole N?rregaard Jensen, Ph.D., Professor, Department of Biochemistry and Molecular Biology, University of Southern Denmark, Odense, Denmark
Omnitrap 多模態(tài)和多級(jí) MSn 技術(shù)推進(jìn)應(yīng)用蛋白質(zhì)組學(xué)領(lǐng)域創(chuàng)新發(fā)展
細(xì)菌酶憑借其卓越的效率、特異性和經(jīng)濟(jì)高效的生產(chǎn)方式，正在徹底改變工業(yè)生產(chǎn)流程。
在食品制造領(lǐng)域，這些酶通過(guò)分解淀粉、蛋白質(zhì)和果膠來(lái)促進(jìn)發(fā)酵、改善質(zhì)地并優(yōu)化產(chǎn)品。
在制藥制造領(lǐng)域，高效酶可簡(jiǎn)化藥物合成，從而提高產(chǎn)量并改善產(chǎn)品質(zhì)量。
駱駝凝集素 —— 不同碎裂模式、前體電荷狀態(tài)和 MSn?水平的結(jié)合。
通過(guò)整合工業(yè)用蛋白酶不同前體電荷狀態(tài)下的多模態(tài)碎裂與多級(jí)質(zhì)譜分析數(shù)據(jù)，序列覆蓋率提升至 92.6%。
" 我們使用完整蛋白質(zhì)質(zhì)量分析來(lái)確保我們多樣化蛋白質(zhì)產(chǎn)品組合的性能、穩(wěn)定性和一致性。引入 timsOmni，憑借其瑞士軍刀般的多功能性，重新定義了完整質(zhì)量和完整蛋白分析，以提供在工業(yè)酶的開(kāi)發(fā)和生產(chǎn)中所需的精確度、速度和置信度。"
Anders Michael Bernth Giessing, Ph.D., Science Manager, Novonesis, Lyngby, Denmark
突破?native MS，實(shí)現(xiàn)蛋白質(zhì)復(fù)合物的深度測(cè)序和翻譯后修飾（PTM）表征
擴(kuò)展分析維度：timsOmni 的開(kāi)放數(shù)據(jù)格式允許方便的分析原始 MS1 譜圖，這里使用 ProSight? 軟件進(jìn)行處理。
BamE 經(jīng) isCID 處理得到的子離子，再經(jīng) MS2 CID 碎裂產(chǎn)生攜帶脂質(zhì)修飾的豐富片段，其中 b12 是 MS3 分析的理想靶標(biāo)。
理解膜蛋白如何在健康和疾病狀態(tài)下組裝以發(fā)揮功能對(duì)于藥物開(kāi)發(fā)至關(guān)重要。這需要對(duì)蛋白質(zhì)低聚態(tài)、亞基相互作用、翻譯后修飾及其與配體和抑制劑的結(jié)合進(jìn)行多層次分析。
新型 NEOS-Source 離子源專為完整蛋白分析設(shè)計(jì)，增加噴霧穩(wěn)定性和實(shí)驗(yàn)重現(xiàn)性。
" timsOmni 中的離子富集模式將通過(guò) MSn 技術(shù)促進(jìn)對(duì)低豐度片段的深入研究，以實(shí)現(xiàn)完整表征并獲得更深入的見(jiàn)解。"
Abraham Oluwole, Postdoctoral Researcher, Carol Robinson lab, University of Oxford, UK
MSn eXd：小分子高級(jí)結(jié)構(gòu)解析利器
氯原子在哪里？
芳香族氯通常不具反應(yīng)性，廣泛存在于許多藥物中；而芐基氯則是對(duì) DNA 和蛋白質(zhì)具有強(qiáng)效烷基化作用的試劑，使其具有致癌性。因此，在痕量雜質(zhì)中確定氯化位置至關(guān)重要，因?yàn)槠S基氯必須受到嚴(yán)格控制，以最大限度地降低其致突變性。
timsOmni 超越了目前可用的 MSn CID 和 MS2 EID 激活方法，通過(guò) MSn eXd 技術(shù)觸及以前無(wú)法到達(dá)的分子鍵，從而解決這類關(guān)鍵問(wèn)題。
"在許多情況下，單獨(dú)使用 MSn CID 或 EID 無(wú)法解析觀察到的雜質(zhì)的結(jié)構(gòu)。timsOmni 提供的極其多樣化的可能性是一個(gè)改變游戲規(guī)則的工具，到目前為止，它已經(jīng)解決了我們提出的每一個(gè)結(jié)構(gòu)問(wèn)題，而無(wú)需進(jìn)行化學(xué)合成。"
Gustaf Hulthe,?Pharmaceutical Technology & Development, AstraZeneca R&D, Gothenburg, Sweden
監(jiān)測(cè)體內(nèi)生物轉(zhuǎn)化產(chǎn)物以提高生物治療的療效
多特異性抗體作為一種領(lǐng)先的生物治療類別正在迅速崛起，能夠同時(shí)結(jié)合多個(gè)靶標(biāo)抗原。這些創(chuàng)新的模式提供了新的作用機(jī)制，增強(qiáng)了療效，降低了耐藥風(fēng)險(xiǎn)，并且與傳統(tǒng)療法相比，副作用更少。然而，與單克隆抗體不同，多特異性抗體在體內(nèi)更容易降解，需要通過(guò)代謝物特征進(jìn)行徹底分析。
完整蛋白分析和 Middle-down 的質(zhì)譜（MS）方法特別適合這種詳細(xì)的結(jié)構(gòu)分析，因?yàn)?Bottom-up 的策略往往無(wú)法獲取完整的蛋白結(jié)構(gòu)信息。這一挑戰(zhàn)更加復(fù)雜的是，這些代謝物在體內(nèi)樣本中的濃度極低，這使得它們的分析特別困難。引入 timsOmni 標(biāo)志著一個(gè)重大進(jìn)步，開(kāi)啟了全面表征多特異性抗體模式的新紀(jì)元。.
檢測(cè)極低豐度的生物轉(zhuǎn)化產(chǎn)物，濃度范圍從 3 到 30 nM，對(duì)于研究新一代生物治療藥物的體內(nèi)穩(wěn)定性至關(guān)重要。
" timsOmni 提供了無(wú)與倫比的靈敏度和測(cè)序能力 —— 這是解碼多特異性抗體代謝物的關(guān)鍵。"
Julia Chamot-Rooke, Ph.D. CNRS Senior Scientist, Head of the Mass Spectrometry for Biology Unit at Institut Pasteur, Paris, France
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僅供研究使用。不適用于臨床診斷程序。