定量方法知多少-絕對(duì)定量
在做qPCR實(shí)驗(yàn)時(shí)，我們經(jīng)常會(huì)問(wèn)：“你是做絕對(duì)定量還是相對(duì)定量呢？”，而定量方法的選擇是取決于實(shí)驗(yàn)的目標(biāo)。絕對(duì)定量可測(cè)定目標(biāo)核酸分子的實(shí)際拷貝數(shù)，但也是最費(fèi)力、最復(fù)雜的定量形式。此方法要求周密的實(shí)驗(yàn)方案和高度準(zhǔn)確的標(biāo)準(zhǔn)曲線，常用于確定病毒滴度。
使用標(biāo)準(zhǔn)曲線進(jìn)行絕對(duì)定量
絕對(duì)定量是通過(guò)樣品的Cq值和標(biāo)準(zhǔn)曲線進(jìn)行比較實(shí)現(xiàn)的。首先為了建立標(biāo)準(zhǔn)曲線，需要已知拷貝數(shù)濃度的標(biāo)準(zhǔn)品，對(duì)標(biāo)準(zhǔn)品進(jìn)行5次以上的連續(xù)梯度稀釋?zhuān)瑢⑾♂尩臉?biāo)準(zhǔn)品進(jìn)行實(shí)時(shí)熒光定量PCR擴(kuò)增，最后根據(jù)各樣品的拷貝數(shù)濃度及相應(yīng)的Cq值繪制標(biāo)準(zhǔn)曲線，得到線性方程Cq= -klgX0+b，其中X0為起始模板量。然后將未知樣本的Cq值與此標(biāo)準(zhǔn)曲線進(jìn)行比較，確定其拷貝數(shù)濃度。
從圖1可以發(fā)現(xiàn)，當(dāng)模板起始濃度越大時(shí)，熒光達(dá)到閾值的循環(huán)數(shù)越少，即Cq值越小。反之，模板起始濃度越小時(shí)，Cq值越大。起始模板量的Log值與循環(huán)數(shù)Cq值呈線性關(guān)系，通過(guò)已知起始拷貝數(shù)的標(biāo)準(zhǔn)品作出標(biāo)準(zhǔn)曲線，即可確定未知待測(cè)樣本中目的基因的量。
如何選擇標(biāo)準(zhǔn)品？
如前所述，生成絕對(duì)標(biāo)準(zhǔn)曲線采用的模板將決定數(shù)據(jù)的準(zhǔn)確度。所以最好使用與實(shí)驗(yàn)樣本盡可能類(lèi)似的目標(biāo)模板，可優(yōu)選有證的標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)或參考物質(zhì)。那么制備標(biāo)準(zhǔn)品的常見(jiàn)方法如下：
? ?DNA 標(biāo)準(zhǔn)品：目的靶點(diǎn)的PCR擴(kuò)增片段或含有目的靶點(diǎn)的質(zhì)粒克?。▓D2）。
優(yōu)點(diǎn)：易于生成、定量，可在適當(dāng)?shù)膬?chǔ)存條件下維持穩(wěn)定性。
缺點(diǎn)：無(wú)法進(jìn)行qRT-PCR 的逆轉(zhuǎn)錄步驟，大大影響了反應(yīng)效率。
PCR擴(kuò)增片段：通過(guò)常規(guī)PCR進(jìn)行目的片段擴(kuò)增，回收純化PCR擴(kuò)增片段，可直接作為標(biāo)準(zhǔn)品，相對(duì)于質(zhì)粒，PCR擴(kuò)增片段不是那么穩(wěn)定。
質(zhì)?？寺。簩⒛康钠芜M(jìn)行PCR擴(kuò)增，回收目的條帶后連入T載體，再進(jìn)行質(zhì)粒提取，OD值定量，將質(zhì)粒梯度稀釋作為標(biāo)準(zhǔn)品使用。
? ?RNA 標(biāo)準(zhǔn)品：目的靶點(diǎn)的體外轉(zhuǎn)錄RNA(圖3)
優(yōu)點(diǎn)：結(jié)合了RT效率，最大程度地模擬了目的靶點(diǎn)。
缺點(diǎn)：需要耗費(fèi)時(shí)間生成該標(biāo)準(zhǔn)品，因其不穩(wěn)定，難以保持長(zhǎng)期準(zhǔn)確度。
體外轉(zhuǎn)錄RNA：利用實(shí)時(shí)熒光定量PCR生成的PCR 產(chǎn)物可利用包含5’ T7啟動(dòng)子的序列和包含 3’ poly(T) 的逆轉(zhuǎn)錄引物重新擴(kuò)增。體外轉(zhuǎn)錄反應(yīng)生成多聚腺苷酸化正義mRNA。純化后可將其準(zhǔn)確定量并稀釋?zhuān)糜谏蓸?biāo)準(zhǔn)曲線。
Azure ?Cielo?實(shí)時(shí)熒光定量PCR系統(tǒng)——絕對(duì)定量示例
1、實(shí)驗(yàn)方法：
?方法:從組織中提取基因組DNA，以TaqMan探針?lè)ㄟM(jìn)行熒光定量檢測(cè)
?試劑:PerfeCTa qPCR ToughMix UNG(QuantaBio)
?標(biāo)準(zhǔn)品:質(zhì)粒標(biāo)準(zhǔn)品濃度為106、105 、104 、 103 、102、101；3個(gè)重復(fù)；設(shè)陰性空白對(duì)照
?實(shí)驗(yàn)步驟:提取gDNA→設(shè)計(jì)特異引物探針→qPCR擴(kuò)增→結(jié)果分析
2、實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)：
3、標(biāo)準(zhǔn)曲線：
R^2=1 ? ?y= -3.349x+32.87
關(guān)于Azure ?Cielo?實(shí)時(shí)熒光定量PCR系統(tǒng)
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